home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Windows Expert / Windows Expert.iso / utility / macaw103.zip / PAM250.SCR < prev    next >
Text File  |  1991-07-30  |  3KB  |  57 lines
  1. MacawScoreFile ::= {
  2.   version { major 1, minor 02 },
  3.  
  4.  
  5. -- PAM-250 matrix modified from  Dayhoff, Atlas of Protein Sequence
  6. -- and Structure. Natl. Biomed. Res. Found., Washington DC,  Vol. 5, Sup. 3.
  7.  
  8.   scores {
  9.     title      "PAM 250",
  10.     seq-type   amino,
  11.     symbol-set "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY",
  12.     score-table {
  13.         { 2,-2, 0, 0,-4, 1,-1,-2,-1,-2,-1, 0, 1, 0,-2, 1, 1, 0,-6,-3 },
  14.         {-2,12,-5,-5,-4,-3,-3,-2,-5,-6,-5,-4,-3,-5,-4, 0,-2,-2,-8, 0 },
  15.         { 0,-5, 4, 3,-6, 1, 1,-2, 0,-4,-3, 2,-1, 2,-1, 0, 0,-2,-7,-4 },
  16.         { 0,-5, 3, 4,-5, 0, 1,-2, 0,-3,-2, 1,-1, 2,-1, 0, 0,-2,-7,-4 },
  17.         {-4,-4,-6,-5, 9,-5,-2, 1,-5, 2, 0,-4,-5,-5,-4,-3,-3,-1, 0, 7 },
  18.         { 1,-3, 1, 0,-5, 5,-2,-3,-2,-4,-3, 0,-1,-1,-3, 1, 0,-1,-7,-5 },
  19.         {-1,-3, 1, 1,-2,-2, 6,-2, 0,-2,-2, 2, 0, 3, 2,-1,-1,-2,-3, 0 },
  20.         {-2,-2,-2,-2, 1,-3,-2, 5,-2, 2, 2,-2,-2,-2,-2,-1, 0, 4,-5,-1 },
  21.         {-1,-5, 0, 0,-5,-2, 0,-2, 5,-3, 0, 1,-1, 1, 3, 0, 0,-2,-3,-4 },
  22.         {-2,-6,-4,-3, 2,-4,-2, 2,-3, 6, 4,-3,-3,-2,-3,-3,-2, 2,-2,-1 },
  23.         {-1,-5,-3,-2, 0,-3,-2, 2, 0, 4, 6,-2,-2,-1, 0,-2,-1, 2,-4,-2 },
  24.         { 0,-4, 2, 1,-4, 0, 2,-2, 1,-3,-2, 2,-1, 1, 0, 1, 0,-2,-4,-2 },
  25.         { 1,-3,-1,-1,-5,-1, 0,-2,-1,-3,-2,-1, 6, 0, 0, 1, 0,-1,-6,-5 },
  26.         { 0,-5, 2, 2,-5,-1, 3,-2, 1,-2,-1, 1, 0, 4, 1,-1,-1,-2,-5,-4 },
  27.         {-2,-4,-1,-1,-4,-3, 2,-2, 3,-3, 0, 0, 0, 1, 6, 0,-1,-2, 2,-4 },
  28.         { 1, 0, 0, 0,-3, 1,-1,-1, 0,-3,-2, 1, 1,-1, 0, 2, 1,-1,-2,-3 },
  29.         { 1,-2, 0, 0,-3, 0,-1, 0, 0,-2,-1, 0, 0,-1,-1, 1, 3, 0,-5,-3 },
  30.         { 0,-2,-2,-2,-1,-1,-2, 4,-2, 2, 2,-2,-1,-2,-2,-1, 0, 4,-6,-2 },
  31.         {-6,-8,-7,-7, 0,-7,-3,-5,-3,-2,-4,-4,-6,-5, 2,-2,-5,-6,17, 0 },
  32.         {-3, 0,-4,-4, 7,-5, 0,-1,-4,-1,-2,-2,-5,-4,-4,-3,-3,-2, 0,10 }
  33.     },
  34.  
  35.     -- Statistical constants computed according to 
  36.     -- Karlin & Altschul (1990).  Proc.Natl.Acad.Sci.USA  87, 2264-2268.
  37.  
  38.     stats-table {
  39.       --   m   lambda  kappa   --
  40.         {  2, 0.2244, 0.0878 },
  41.         {  3, 0.1784, 0.1066 },
  42.         {  4, 0.1432, 0.0842 },
  43.         {  5, 0.1163, 0.0585 },
  44.         {  6, 0.0966, 0.0430 },
  45.         {  7, 0.0821, 0.0340 },
  46.         {  8, 0.0712, 0.0284 },
  47.         {  9, 0.0627, 0.0246 },
  48.         { 10, 0.0560, 0.0219 },
  49.         { 11, 0.0506, 0.0198 },
  50.         { 12, 0.0461, 0.0182 },
  51.         { 13, 0.042,  0.017  },   -- estimated
  52.         { 14, 0.039,  0.015  },   -- estimated
  53.         { 15, 0.036,  0.014  },   -- estimated
  54.     { 16, 0.034,  0.018  }} } -- estimated
  55. }
  56.  
  57.